Согласно постановлению о назначении экспертизы, возникают процессуальные отношения между назначившим ее органом и экспертом. Данные отношения складываются из действий суда с одной стороны, и действий эксперта – с другой. Действиями со стороны суда являются:
1. Действия, связанные с определением и привлечением компетентного лица в качестве эксперта (экспертной организации);
2. Требование провести специальное исследование, определение экспертных задач (которые опосредуются в постановлении о назначении экспертизы);
3. Истребование экспертного заключения, оценка данного заключения, установление его доказательной силы (обычно опосредуется в решении суда);
4. Вызов на судебное заседание эксперта, в целях разъяснения заключения;
5. Допрос эксперта.

В рамках процессуальных прав и обязанностей, связанный правоотношениями с судом эксперт совершает следующие действия:
1. Знакомится с материалами по делу;
2. При необходимости просит суд предоставить дополнительные материалы;
3. Участвует в судебном процессе;
4. Проявляет экспертную инициативу (в том случае, если при производстве экспертизы экспертом будут установлены обстоятельства и вопросы, не оговоренные ранее и имеющие значения для конечного результата, он вправе дополнить свое заключение выводами о данных обстоятельствах);
5. Дает объективное заключение поставленным вопросам, согласно установленной процессуальной форме. В некоторых случаях эксперт имеет право отказаться давать заключение (при недостаточности предоставленных ему материалов или отсутствии у него необходимых знаний для выполнения поставленной ему задачи).

Осмысление сути судебной экспертизы связано с раскрытием таких понятий, как «специальное исследование» и «специальные знания». Термин «специальные» подразумевает применение экспертом профессиональных знаний в ходе проведения экспертизы. Данные знания касаются предмета соответствующей отрасли и не являются общеизвестными. Под экспертизой понимается применение таких знаний в форме специального исследования, которое предполагает получение неизвестных ранее суду фактических данных, установить которые иным путем (к примеру, показаниями свидетелей) невозможно.

Одна важная особенность вызывает трудности у многих юристов и адвокатов. Суть ее в следующем. Действия, производимые в ходе исследования (выбор специального метода и различных научных методик, их применение для исследования объекта, получение промежуточных результатов и их анализ, окончательная, профессиональная оценка полученного результата) не регулируются процессуальными нормами, поскольку процедура получения знаний в ходе исследования не является предметом нормотворчества. Целью специального исследования является не столько констатация установленных новых объективных фактов, сколько их профессиональная оценка.

Установленные в ходе исследования промежуточные факты, сами по себе не имеют доказательного значения. Ведь для того, чтобы опираться на них и делать какие-либо выводы, также нужны специальные знания. Суд не вправе использовать в качестве доказательства подобный промежуточный факт, не согласившись с выводами эксперта. Иначе это приведет к некомпетентной оценке факта, а суд невольно примет на себя часть экспертных функций, что в принципе недопустимо по закону.

С позиции процессуальных категорий фактическими данными, которые принимаются судом как доказательство, является именно профессиональная экспертная оценка. На деле это означает, что в случае выступления на судебном процессе в качестве эксперта узкоспециализированной отраслевой организации, ее выводы будут, скорее всего, неоспоримы.

Суд же в состоянии дать оценку лишь полноте и правильности заключения эксперта. А именно – проконтролировать соблюдение экспертом всех необходимых процессуальных требований, проверить наличие в экспертном заключении требуемых реквизитов, оценить, все ли поставленные вопросы разъяснены.

Оценить научную обоснованность экспертных выводов, правильность примененных методов исследования, так же, как и соответствие данных методов современным реалиям, суд не в состоянии, поскольку не обладает познаниями эксперта. Более того, применяющаяся форма экспертного заключения не дает возможность даже оценить компетенцию проводившего исследования эксперта, так как указывает лишь на стаж его работы и общий характер образования. Но эти данные вовсе не свидетельствуют о достаточном профессионализме эксперта, в том числе его компетенции в рамках конкретного экспертного задания. По этой причине трудно обоснованно судить о его способностях и возможностях.